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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已提示出广的生物制品活性氧，包扩抗淋巴肿瘤和抗病性毒的作用。一般是，三萜是利用甲羟戊酸条件生成的，并从当然花草和细菌中获取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上刊登了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的研究分析探讨论文怎么写。该研究分析探讨显示三萜类有机化合物野生野生灵芝酸（GA）是借助介质激发的无柄野生野生灵芝菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的菌物转变成引起的。依据转录组和营养素质组学技能进一个步骤探求无柄虫草菌丝体中DHT引起俩种虫草酸（GA）的规则，并基于两组学技能检则到的异同基因组和异同营养素，估测DHT 菌物炼制 GA 的渠道。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和基本功能分类别

根据对无柄虫草白色念珠菌菌丝体通过转录组测序共得出67230个转录本和14299个单遗传遗传人类基因。在这种单遗传遗传人类基因中，496个被鉴定费为对比展示方法遗传遗传人类基因（DEGs），各举213个展示方法调涨，279个展示方法变动（图1A）。GO生物制品聚集研究后，DEGs涵盖生物制品全具体步骤（BP）、癌组织细胞组成成分（CC）和团伙系统（MF）3类。在BP门类中，存在了前五个子门类：抗生素类吸附分泌全具体步骤，乙酸盐分泌全具体步骤和甲酸盐分泌全具体步骤;而在CC门类中，癌组织细胞外区、突触pp体、突触形式是前五个亚类。而言MF门类，甲酸脱氢酶（NAD）吸附性、腐蚀备份酶吸附性和酸氨（或酰胺）连到酶吸附性是前五个亚门类（图1B）。在DEGs的KEGG通道研究中，前30条生物制品聚集度最大的通道中含27条应属于分泌，各举丁烷分泌、乙醛酸盐和二羧酸盐分泌、丙酸盐分泌讯号通道偏态生物制品聚集（图1D）。

图1|转录类物质析和系统细分

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

能够对无柄虫草细菌菌丝体完成核淀粉酶组学数据报告做好研究浅析，共计断定了16,457种独特性肽、2606种核淀粉酶和2588种一定量核淀粉酶。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的需求生活条件下，徘徊2606种核淀粉酶中，94种被司法鉴定为对比表示核淀粉酶（DEPs），表中52种调涨，42种下跌（图2A），图2C提示了对比表示核淀粉酶的聚类做好研究浅析数据报告做好研究浅析热图。从GO数据报告做好研究浅析看到，BP行业类别提示，绝大绝绝大多数的数DEPs参入冰醋酸盐神经元膜分泌转化阶段、抗生素类葡萄糖阳极硫化神经元膜分泌转化阶段和用药葡萄糖阳极硫化神经元膜分泌转化阶段。CC类DEPs在神经元膜外区、过阳极化合物酶体和微体中平均水平高达，阳极硫化还原成酶化学活化和甲酸脱氢酶（NAD）化学活化在MF类中DEPs的此例高达（图2B）。与转录组然而类同，KEGG手机信号环路数据报告做好研究浅析提示，众多DEPs在神经元膜分泌转化中聚集，表中3条最聚集的路经是光合海洋生物学中的碳固定的、碳神经元膜分泌转化和MAPK手机信号手机信号环路（图2D）。除此之外，能够数据报告做好研究浅析GO数据报告库的CC对DEPs完成亚神经元膜确定数据报告做好研究浅析和注解（图2E），DEPs最最主要的的分布不均在神经元膜质（40.66%）、神经元膜膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），认识论上是GAs海洋生物学合成图片的最最主要的的具体位置。

图2|蛋白质组的化学发光法具体分析和功效检验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为业物有效的转化和比较组得票率DEGs和DEPs打造了维恩图，有20个相互影响呈现遗传什么是基因组（图3A）。对转录组和核脂肪酸组中E组和C组有的DEGs/DEPs通过聚类阐述阐述，显示mRNA和核脂肪酸两者有14个上浮遗传什么是基因组和4个调低遗传什么是基因组，DEGs两者中译文资料的DEPs呈现质量呈正一些，依据Pearson的一些因子阐述，在转录组和核脂肪酸组两者测量到相对应较高的一些性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检查测量毕竟显视，E组和C组1个DEGs的体现平行异同差异性，中仅9个为调整DEGs，多个为下跌DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的体现的趋势与转录酚类化合物析毕竟统一。

图3|血清质组的降钙素原检测数据分析和作用验证通过

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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