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Nature Plants(IF=15.8)| SUMO修饰蛋白质组新方法提出!构建全新SUMO化蛋白质组数据库!

发布时间:2024-09-25
SUMO化淡化就是种重要的的泰语翻译后淡化,SUMO大分子完成在E1滋养酶、E2切合酶和E3联系酶的参予下共价切合终究物核淀粉酶酶质赖氨酸残基上,在把控好草本花卉生長、营养丰富数据信息牵张反射和胁迫表现中起着重于要的能力。SUMO化核淀粉酶酶质和SUMO淡化进程中涉及到酶的缺位都会致使草本花卉生長非常或是意外死亡,这表面SUMO化淡化在自动调节草本花卉生長骨骼发育进程中起着本质能力。在目前为止在草本花卉中被签定出的SUMO化核淀粉酶酶质数量统计较少,或者SUMO 化在草本花卉中的丰度较低且的共享性较高,故此签定SUMO化核淀粉酶酶质和 SUMO化位点是非常具备着终极主动性的。

2024年9月18日,南方科技大学的王鹏程教导(拜谱海洋生物合作共赢科学学者)及其研究团队在Nature Plants上发表了题为“Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis”的研究论文。该论文通过向拟南芥sumo1 sumo2突变体中插入赖氨酸缺失的SUMO1基因(K0-SUMO1),以树立新一种两步来完成赖氨酸不全SUMO丰度形式,营造了新款的苔藓植物SUMO化蛋清质组数据文件库,为进一步探索SUMO化如何调节蛋白质功能提供了宝贵资源。

英文音标便秘尴尬检查经历:Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis

2英文主题 :拟南芥中高度敏感的位点特异性SUMO化蛋白质组学

刊登期刊杂志:Nature Plants

影响力细胞:15.8

钻研构思

图1科学研究策略图

探讨但是

01、拟南芥K0-SUMO1脂肪酸质多组分析

先前的研究表明sumo1-1、sumo2-1双突变体是没有办法正常发育的,因此作者先将K0-SUMO1基因片段导入sumo1-1、sumo2-1双突变体中,发现植物生长基本正常,并且通过Western Blot实验观察到K0-SUMO1植物中的蛋白可能具有功能性。因此,小说家进一部实施seo的2步亲和生物富集的办法实施质谱进行分析,共鉴定到2000+个独特的SUMO化位点、1300个SUMO化蛋白,其中拟南芥SUMO化位点的位置更加多样化,会发生在不同的基序上,与其他真核生物不同。SUMO化蛋白质组的GO功能分析发现检测到的蛋白质主要在不同的核过程发挥作用,包括基因沉默、基因调控以及DNA修饰和修复。

图2 SUMO化呈现蛋白酶质组(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

02、SUMO化修饰语核蛋白和位点的查验

关键在于安全验证未知的SUMO1蛋白酶,本研究通过原核表达系统获得重组SUMO化蛋白,并实行了身体外科学试验。作者随机选择了九个候选蛋白,通过免疫印迹法发现在SUMO1蛋白存在的情况下,这些候选蛋白都可以发生SUMO化。随后使用野生型和位点突变的重组SUMO1蛋白进行了体外SUMO化实验,以认证SUMO化遮盖位点,实验结果表明多个鉴定到的底物位点在体外仍可以发生SUMO化修饰。综上所述,SUMO化位点的定点突变和体外SUMO化实验进一步验证了组学方法鉴定结果的准确性。

图3 SUMO化蛋白酶和位点的身体查证(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

03、热引起淀粉酶质组的化学发光法相比

前面的实验结果发现在高温胁迫的拟南芥幼苗中鉴定出了1300个SUMO化蛋白。为了进一步评估SUMO化修饰如何调节蛋白质功能,本研究通过TMT蛋清质组学比较了热应激前后潜在SUMO化蛋白丰度变化。结果发现在30分钟热应激后,有1,666个和429个蛋白质分别显示出明显上调和下调。在SUMO化的底物中,共鉴定出435个蛋白质,其中有128个蛋白质上调,16个蛋白质下调。因此,这些结果表明SUMO化修饰可能与目标蛋白质的稳定性增加相关。

图4 针对TMT的定量分析蛋白酶质组学(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

拜谱总结ppt

本研究从蛋白酶质组的分析角度提供了关于SUMO化作用的生物学功能和位点特异性的信息。通过将赖氨酸缺失突变体SOMO1(K0-SUMO1)引入转基因拟南芥,以加入那种灵敏性度比较高的SUMO化球蛋白纯化和质谱检查测量步骤。这种方法从热处理的KO-SUMO1幼苗的1300个SUMO1蛋白中鉴定出超过2200个SUMO1化位点,并通过体外实验验证了方法的准确性,显著地加深了我们对植物SUMO1的理解。热启用蛋清酶联免疫法是比较表明SUMO化修饰增强了SUMO1受体的稳定性。总之,本研究为SUMO化修饰的检测提供了新的方法,为探索SUMO化蛋白功能奠定了重要基础。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司,可提供蛋白组、修饰组、代谢组、转录组、时空组等组学产品,SUMO化装饰营养物质质组看做承堂独特装饰产品设备,用于优质的聚集新技术、顶尖的Astral器材可保持SUMO化营养物质和位点的高品品质检测出。此外,王鹏程科研专家教授当作拜谱科研专家团队组成员,在车辆产品创新阶段中为我们给予专科推荐和培训,以更好的产品回馈大家,欢迎大家咨询!

参阅文章:Sang T, Xu Y, Qin G, et al. Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis. Nat Plants. 2024;10(9):1330-1342. doi: 10.1038/s41477-024-01783-z.

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